Годовая программа по биоинформатике

Образовательная программа направлена на изучение биологических процессов с помощью современных вычислительных технологий. Обучение проходит по двум направлениям: «Бионформатика для биологов» и «Алгоритмическая биоинформатика».

Обучение можно совмещать с основными образовательными программами в других вузах, профессиональной или научной деятельностью.
Формат обучения
Обучение проходит в формате лекций, семинаров, работы над научными проектами.
...экскурсии в биотехнологические компании и лаборатории, хакатон, летняя стажировка.
Стоимость
Для студентов, магистрантов и аспирантов первого года очной формы — обучение бесплатно. Для остальных стоимость семестра — 15 000 рублей.
Сертификат
Сертификат о повышении квалификации Института биоинформатики и СПбАУ РАН.
Студенты Института
Ключевые даты

15 марта

Первый этап: прием заявок
15 апреля

Второй этап: решение заданий
15 мая

Третий этап: собеседования
DETAILS
Детали программы
БИОЛОГАМ
ИНФОРМАТИКАМ
Программа подготовлена для студентов и аспирантов биологических специальностей.

Цель программы — научить студентов осознанно пользоваться биоинформатическими инструментами, проводить анализ биоинформатических данных, а также общаться на одном языке с коллегами из области информационных технологий.
Требования
Кандидаты должны обладать хорошо систематизированными знаниями генетики и клеточной биологии, молекулярных механизмов хранения, передачи и изменения наследственной информации, разбираться в принципах и методах генетической инженерии и биотехнологии в целом.

В процессе учебы вам понадобится читать научные статьи на английском, поэтому на собеседовании мы будем проверять эти навыки.

Обычно успешные кандидаты - это студенты старших курсов, магистранты и аспиранты. Студенты 3 курса бакалавриата рассматриваются при наличии достаточных знаний и высокой мотивации.
Подготовка
Освежить знания рекомендуем с помощью:

Онлайн-курса «Mолекулярная биология и генетика».

Литературы:
  • Глик, Б. — Молекулярная биотехнология (2002),
  • Щелкунов, С. — Генетическая инженерия (2004),
  • Alberts, B. — Molecular biology of the cell (2008),
  • Lodish, H. — Molecular Cell Biology (7th ed., 2012).
Глоссария для биологов Института биоинформатики.
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

Отправить заявку.
  • Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
  • Обращаем внимание, что не все заявки проходят отбор.

Пройти онлайн-курс по основам программирования на Python и работе в Linux, ссылка на который придет в ответ на заполненную анкету.
Пройти собеседование.
  • В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование.
  • Собеседование проводится на русском языке.

Примеры заданий на собеседовании:
  • ответить письменно на подобные вопросы;
  • ознакомиться со статьей (пример) и быть готовым отвечать на вопросы по ее содержанию.
Научные проекты
Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН, JetBrains, Parseq Lab, EMC2, Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, Biodatomics).

Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
Для студентов математических, информатических и других технических специальностей.

Программа включает углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, статистику, молекулярную биологию, биотехнологии и другие специализированные предметы, а также работу над научными проектами.
Требования
Кандидаты, поступающие на программу "Алгоритмическая биоинформатика" должны:

Знать основы курса алгоритмы и структуры данных (списки, массивы, сортировки, деревья, хеширование и хеш-таблицы, алгоритмы на графах, алгоритмы на строках, оценка асимптотики памяти и времени работы алгоритма, динамическое программирование).

Уметь программировать основные алгоритмы и выражать в коде свои идеи.

Владеть основами:
  • теории вероятностей (зависимые и независимые события, условные вероятности, формула полной вероятности, теорема Байеса, математическое ожидание);
  • дискретной математики и комбинаторики (сочетания, перестановки, биномиальные коэффициенты, целочисленные последовательности, основы теории графов);
  • математической логики (отображения и отношения, эквивалентность, отношения порядка, кванторы, метод математической индукции),
  • алгебры и теории чисел (группы, факторизация, алгоритм Евклида, теоремы Эйлера и Ферма, базис, размерность, ранг),
  • математического анализа (числовые ряды и сходимость, предел, асимптотические оценки, обозначения O( ) и o( ), непрерывность, производная, первообразная, определенный интеграл, нахождение экстремума функции, формула Тейлора).
Обычно успешные кандидаты - это студенты старших курсов, магистранты и аспиранты.
Подготовка
Освежить или дополнить знания можно с помощью онлайн-курсов:

Если вы считаете, что вам не хватает навыков программирования, то вам могут быть полезны онлайн-курсы:

Для получения дополнительной практики в программировании алгоритмических задач можно также воспользоваться платформой Rosalind.
Поступление
Отбор проводится на конкурсной основе в три этапа:

  1. Отправить заявку.
    1. Мы ждем мотивированные заявки, с описанием того, для чего вам необходимо обучение на основной программе.
  2. Пройти онлайн-курс по молекулярной биологии и решить 30 любых задач на Rosalind Bioinformatics Stronghold.
    1. Ссылка на эти задания придет в ответ на заполненную анкету. Если вы его не обнаружите в почте в течение суток, напишите нам на info@bioinf.me.
    2. Если вы уже проходили онлайн-курс "Молекулярная биология и генетика" и решали задачи на Rosalind, то эти баллы вам зачтутся автоматически.
  3. Пройти собеседование.
    1. В случае успешного прохождения двух первых этапов мы пригласим вас на собеседование с начала февраля по конец апреля.
    2. Собеседование длится полтора часа, из которых час отводится на решение заданий, а полчаса на общение с комиссией. Пример заданий.
Программа обучения
Осенний семестр
Молекулярная биология
Статистика
Алгоритмы в биоинформатике
Научный проект

Весенний семестр
Биотехнологии
Статистика
Анализ данных NGS
Сборка геномов
Journal Club
Научный проект
Хакатон

Летняя стажировка (факультативно для студентов ИБ, обязательно для магистрантов АУ, конкурсный отбор)

Научные проекты
Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.

Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН, JetBrains, Parseq Lab, EMC2, Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, Biodatomics).

Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.

Все научные проекты Института биоинформатики.
SPONSORS
Спонсоры программы
Вы можете подать заявку до 15 октября.
Мы с радостью ответим на возникшие вопросы info@bioinf.me.