Наука

Научно-исследовательское направление Института биоинформатики занимается решением прикладных биологических или медицинских проблем.
Group
meetings schedule

7 ноября

1. Екатерина Эсаулова: "Integrated analysis of high-throughput profiling of virus-host interactions"

2. Егор Приказюк: "BroadPeaks: эффективная имплементация алгоритма нахождения широких пиков в экспериментах ChIP-Seq для гистонных модификаций"

9 января

DETAILS
Подробности
Кто может принять участие в BioHack?
Мы приглашаем студентов средних и старших курсов, аспирантов, выпускников вузов, интересующихся биоинформатикой, имеющих знания в области биологии, либо умеющих программировать. Неважно, какие проекты вы делали до этого. Мы ждем всех, кто не боится трудностей и готов разработать готовый проект за 48 часов.
Какие знания требуются? Требуется ли знание каких-то технологий и языков программирования?
  1. GeneQuery - a webserver for transcriptome-based hypothesis generation.
  2. ClusDec - an R package to perform de novo deconvolution of transcriptomic experiments in absence of reference gene signatures or cell type/count knowledge.
  3. BroadPeaks - re-implementation of SICER algorithm for broad peak calling in appropriate ChIP-Seq experiments.
Collaborations
  1. Washington University in St Louis, Maxim Artyomov laboratory
  2. Yale University, Vishwa Deep Dixit laboratory
  3. IFMO, Genome Assembly Algorithms Laboratory
  4. Federal Almazov North-West Medical Research Centre
  5. Institute of Cytology of RAS (SPb), Dmitry Tentler laboratory
Publications
Software
All of the code pertinent to our active and past projects can be found on our GitHub page.

We develop and maintain several program products that address a variety of issues arising when working with genomic and transcriptomic data.

This is the list of software or databases which is being developed or maintained in our group:

  1. GeneQuery - a webserver for transcriptome-based hypothesis generation. Developed by Alexander Predeus under supervision of Maxim Artyomov. Currently Ivan Arbuzov works under supervision of Alexander Predeus on making a more efficient web-server and better statistical algorithms for enrichment evaluation.
  2. ClusDec - an R package, developed by Konstantin Zaytsev, Pavel Fedotov and Alexander Predeus under supervision of Maxim Artyomov. Currently is an active project of Konstantin Zaytsev.
  3. BroadPeaks - re-implementation of SICER algorithm for broad peak calling in appropriate ChIP-Seq experiments.
If you have any questions contact predeus@bioinf.me.